Kompleks Gua Jatijajar mencakup Gua Jatijajar, Gua Dempok, dan Gua Intan. Kawasan ini berada sekitar 250 m di atas permukaan laut. Sistem pergunaan berkembang pada kehadiran fosil-fosil seperti Lepidocylina sumatrensis Brady, L. elegans Tan dan Cycloclypeus annulatus Martin selain menunjukkan umur batuan juga sekaligus menciri lingkungan asalnya, yaitu laut dangkal yang mempunyai kedalaman maksimum 60 m.
Kira-kira 14-11 juta tahun lalu daerah ini masih merupakan paparan laut dangkal, yang kemudian terangkat hingga ketinggiannya sekarang akibat sifat bumi yang dinamis. Tidak adanya sedimen lain yang menutupi lapisan batu gamping di daerah Gombong selatan menunjukkan jika sejak 10 juta tahun lalu daerah ini sudah berada di atas permukaan laut. Dihitung dari kurun waktu kurang dari 10 juta tahun telah terjadi pengangkatan setinggi lebih dari 300 m. Pengangkatan itu menyebabkan batuan terkekarkan dan tersesarkan. Curah hujan yang tinggi mempercepat terjadinya proses karstifikasi, membentuk kars sebagaimana terlihat sekarang.
Gejala endokars ini mempunyai mulut gua yang berbangun melengkung tinggi dan lebar. Pada dinding pintu masuk sebelah kanan tersingkap sisa endapan sedimen gua yang kaya fosil moluska. Beberapa spesies grastropoda dan pelecypoda terawetkan baik pada lapisan lempung pasiran berwarna coklat tua. Sedimen berfosil ini dapat dikorelasikan dengan sedimen sejenis yang tersingkap di pintu masuk Gua Intan. Sediman di dalam Gua juga tersingkap pada sebuah sisa kanopi tua, beberapa meter dari pintu masuk. Cangkang-cangkang pipih pelecypoda pada sedimen gua ini tersusun secara alami ke arah utara sejajar dengan arah lorong utama masuk gua, yaitu utara-selatan. Bagian atap dan dinding pintu masuk gua dipenuhi oleh tulisan nama-nama pengunjung. Gravity yang paling tua tertanggal tahun 1805.
Pembentukan kanopy di dekat pintu masuk Gua Jatijajar menunjukkan adanya sungai bawahtanah yang pernah aktif beberapa ratus ribu tahun yang lalu. Proses pengangkatan menyebabkan sungai menjadi kering, karena air mencari permukaan air tanah setempat yang letaknya lebih rendah. Sungai bawah tanah yang masih aktif di dalam Gua Jatijajar tersingkap melalui beberapa sendang, yang letaknya berkisar antara 1-3 m di bawah lorong fosil utama.
Sendang Kantil dan Sendang Mawar adalah kolam-kolam sungai bawah tanah yang dibuka untuk umum. Dua sendang lainnya yaitu Jombor dan Puserbumi tidak dapat dimasuki wisatawan umum, kecuali mendapat ijin dari pengelola kawasan wisata.
Sebagai mata air, Sendang Puserbumi merupakan sebuah sumuran tegak bergaris tengah sekitar 50 cm. Sementara Sendang Jombor yang dihuni seekor pelus sepanjang lebih dari 1 m mempunyai sifon di dasarnya. Sifon ini dapat ditelusuri dengan metode penyelaman (cave diving). Beragam bentukan pengendapan ulang larutan CaCO3 jenuh yang indah dan mempesona dijumpai di dalam lorong gua dibalik sifon. Lorong gua sepanjang ratusan meter dihiasi dengan deretan gurdam dan air terjun. Lorong gua di bawah gua Jatijajar ini disiapkan menjadi objek wisata minat khusus. Untuk memasuki sendang di dalam Gua Jatijajar dikeramatkan dan dijadikan sebagai tempat berziarah.
Lubang-lubang di dasar gua di dekat pintu masuk merupakan bekas-bekas penambangan fosfat guano. Ornamen gua (stalaktit, stalakmit, pilar, flowstone) umumnya sudah tidak aktif, meskipun di beberapa tempat terdapat tetesan dan leleran air melalui ujung-ujung stalaktit. Sebuah lubang di atap gua setinggi 24 m dari dasar gua, tidak jauh dari pilar besar berbangun membundar yang masih aktif, mengungkap sejarah penemuan gua pada tahun 1802 oleh Djayamenawi, Petani tersebut terperosok ke dalam gua melalui lubang yang ada dipermukaan, dan setelah tanah yang menutupi lorong dibersihkan ia menemukan lubang masuk, yaitu mulut gua sekarang.
Lorong Gua Jatijajar sepanjang 250 m, dengan lebar dan tinggi rata-rata 15-25 m, dapat dimasuki oleh wisatawan dengan mudah. Mulai tahun 1975, disepanjang lorong gua ditempatkan 32 buah patung yang menceritakan Legenda Raden Kamandaka. Di luar Gua menggambarkan kepurbaan Gua Jatijajar.
Mata air atau sendang yang terdapat di dalam Gua Jatijajar dipercaya mempunyai khasiat tertentu, sehingga dikeramatkan.
- Air Sendang Puserbumi dan Jombor konon dapat digunakan sebagai sarana untuk mencapai tujuan-tertentu.
- Sedang air Sendang Mawar dan Kantil jika untuk mencuci muka selain menjadi awet muda juga akan tercapai apa yang dicita-citakannya.
Kepercayaan yang dituturkan secara turun-temurun ini mengakar kuat di hati sanubari masyarakat Kebumen dan sekitarnya, sehingga pada hari-hari tertentu menurut penanggalan Jawa tempat tersebut ramai dikunjungi peziarah, terutama pada malam hari.
Segmen lorong gua sepanjang 50 m mulai dari pintu masuk merupakan bentukan alami hasil kegiatan sungai bawah tanah di masa lalu. Setempat, atap dan dinding gua dihiasi oleh stalaktit dan flowstone. Lubang di atap gua yang tembus ke permukaan (avent) berfungsi sebagai ventilasi alam, sehingga udara di dalam gua tetap segar. Lorong ini selanjutnya berhubungan dengan gua buatan, bekas penambangan kapur.
Panjang Gua Dempok tidak lebih dari 100 m, dan menjadi unik karena merupakan gabungan antara gua alam dan gua buatan. Nama Dempok diambil dari nama pemilik lahan penambangan kapur. sisa-sisa kejayaan industri kapur tohor di masa lalu diabadikan dalam bentuk tobong pembakaran batu gamping, tidak jauh dari pintu masuk Gua Dempok.
Gejala endokars ini merupakan gua alam fosil yang penuh dengan ornamen yang masih aktif. Lorong-lorong di dalam Gua Intan yang berarah utara-selatan dan barat-timur genesanya berkaitan dengan pelarutan di sepanjang struktur retakan yang ada.
Sebuah stalaktit di dinding pintu masuk sebelah kanan dilingkupi oleh sedimen pasir lempungan berwarna merah kecoklatan. Sedimen tersebut mengandung fosil moluska, sehingga kehadirannya akan menguak sejarah pembentukan gua. Moluska adalah binatang darat yang hidup di sekitar gua. Ketika air hujan masuk ke dalam gua, binatang itu terangkut ke dalam gua bersama-sama dengan sedimen pasir dan lempung. Saat terjadi banjir seluruh lorong gua terendam air, dan sebuah stalaktit yang terletak 3 m dari dasar gua ditutupi oleh sedimen tersebut. Kumpulan fosil ini berumur Plistosen-Resen, sehingga Gua Intan setidaknya sudah ada sejak 1 juta tahun yang lalu.
Sebuah kubah besar berukuran 30 X 40 m dan tinggi maksimum 20 m dapat dicapai dengan melewati lubang sempit selebar 1 m. atap kubah dihiasi oleh stalaktit-stalaktit berukuran maksimum 1 m. Sebuah avent di atap kubah berfungsi sebagai ventilasi alam. Sekelompok stalaktit yang menyatu dengan stalakmit membantu pilar atau kolom setinggi beberapa meter yang indah. Ornamen gua di bagian ini umumnya masih aktif.
Di sebelah kanan ruangan pertama terdapat ruangan kedua yang disusun oleh batu gamping berlapis, dengan sebuah jembatan alam yang menghubungkan dinding kanan dan kiri ruangan. Jembatan ini merupakan sisa lapisan batu gamping yang sukar larut. Sedang lapisan batu gamping lunak di dasar jembatan sebagian besar telah habis, dikikis oleh aliran sungai bawah tanah yang pernah aktif di masa lalu. Ruangan kedua yang berukuran 20 X 40 m dan tinggi 15 m ini berakhir pada sebuah lubang sempit yang ditutupi oleh sedimen gua. lekuk-lekuk kecil di atap gua dipenuhi oleh kelelawar. Tidak adanya ventilasi di ruangan kedua ini menyebabkan udara di dalam gua sedikit panas dan pengap. Fermentasi kotoran kelelawar memungkinkan terbentuknya CO2 dan bau yang menyengat. Sumber : Berbagai berita
